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神经系统疾病的恢复除需对病因进行治疗外，另一个重要的方面就是康复治疗。康复治疗有时可能是某些神经系统疾病唯一有效的治疗手段，如脑血管疾病后遗症、神经系统遗传及变性疾病等；同样，所有其它系统疾病、外伤所引起的肢体功能障碍也均需要进行康复治疗。系统、合理、及时的康复治疗可显著减轻肢体功能缺损程度，提高患者的生活质量。
本科特设康复治疗病房，博士以上学历之教授、副教授进行功能评估和制订康复处方，配备专职康复治疗师进行治疗，康复治疗设备先进齐全，康复程序合理（由国际康复联盟制订的康复软件）。康复治疗的范围包括对中风患者后遗症（如偏瘫、失语等）的早期康复训练、先天性遗传性神经疾病的康复训练以及对骨科、神经外科后遗肢体功能障碍的康复训练等。
康复方法包括
1、被动式康复治疗：中医证实有效的针灸推拿疗法、神经网络生物反馈治疗、中频电刺激治疗、超声治疗、小脑电刺激治疗、磁刺激治疗和高压氧治疗等；
2、主动式器械指导康复疗法：语言训练、肢体肌力训练、运动协调训练、感觉异常的训练等。
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